不会的。如果文件夹加密超级大师被卸载了，不会对您加密的文件和文件夹有任何影响，您的加密文件和加密文件夹仍然保持加密状态。重新安装文件夹加密超级大师，然后输入正确的密码就可以打开或解密您加密的文件或文件夹。
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